Las etapas de tratamiento de un agua residual de industria agroalimentaria pasan por:

- Separación de sólidos mediante tamizados mecánicos
- Homogeneización de las aguas evitando sedimentaciones y/o flotaciones
Flotación de grasas y SST mediante Unidades de Flotación con Aire Disuelto DAF. Sólo en los casos que se considere necesario, con adición de reactivos (DFQs)
- Tratamiento biológico aireado por etapas tipo SBR. Eliminación de la contaminación orgánica disuelta con las máximas garantías de resultados
- Incluso tratamientos terciarios mediante Wetlands o filtraciones

Para un correcto funcionamiento de la planta depuradora habrá de llevarse a cabo siempre un primer y correcto filtrado de las aguas que van a ser depuradas (a veces incluso éste es el único tratamiento exigido).